شفقت علی‌خان، سخنگوی وزارت امور خارجه‌ی پاکستان، هند را به دست داشتن در حمله به قطار مسافربری «جعفر اکسپرس» متهم کرد و افزود که تماس‌های رهگیری‌شده، ارتباط مهاجمان با «همکاران» آن‌ها در افغانستان را نیز تایید می‌کنند.
وی همچنین افغانستان را «پناهگاهی امن» برای هراس‌افگنان دانسته و تاکید کرده است که پاکستان بارها از طالبان خواسته تا مانع از «استفاده گروه‌های هراس‌افگن، از جمله ارتش آزادی‌بخش بلوچستان، از خاک افغانستان» شود.
سخنگوی وزارت خارجه‌ی پاکستان اظهار داشت که این کشور در مجامع عمومی درباره‌ی تماس‌های دیپلماتیک میان دو کشور صحبت نمی‌کند، اما «بارها شواهد مفصل این‌گونه حملات را در اختیار طالبان قرار داده است.»
او ضمن تاکید بر «عزم پاکستان» در مبارزه با هراس‌افگنی، خاطرنشان کرده است که تمرکز اصلی اسلام‌آباد بر «تحکیم» روابط دوستانه و نزدیک با افغانستان قرار دارد.
این اظهارات یک روز پس از آن مطرح شد که تلویزیون دیار، به نقل از رسانه‌های بنگلادیشی و هندی، گزارشی منتشر کرد که در آن به ارتباط مهاجمان حمله به قطار «جعفر اکسپرس» با فرماندهان‌شان در خاک افغانستان اشاره شده بود.
حمله‌ی اخیر به قطار «جعفر اکسپرس» در پاکستان در ۱۱ مارچ در ایالت بلوچستان رخ داد. این قطار که با حدود ۴۵۰ مسافر از کویته به سمت پیشاور در حال حرکت بود، توسط شبه‌نظامیان «ارتش آزادی‌بخش بلوچستان» در تونل شماره ۸ در منطقه‌ی بولان هدف قرار گرفت. مهاجمان با انفجار خطوط راه‌آهن و شلیک به قطار، بیش از ۱۰۰ مسافر را گروگان گرفتند. پس از درگیری بیش از یک روزه با نیروهای امنیتی پاکستان، عملیات در ۱۳ مارچ به پایان رسید و تمامی ۳۳ مهاجم کشته شدند. به گفته‌ی ارتش پاکستان، ۲۱ گروگان و ۴ سرباز در این حادثه کشته شدند، اما صدها مسافر نجات یافته و به کویته بازگردانده شدند.
